但是百家补儒那就不一样了，任何一家的学问融入后，都无法和作为主体的儒学相比。
西学也不再特殊，只是百家之一。
所以他心里对百家补儒的科学很矛盾：
既欣喜于能用这种方法壮大，又担心西学丧失如今的地位。
毕竟科学的创立者是张溥，而非他徐光启。
他的学问仍旧是西学，抱着以西补儒的想法，主张由数达理。
和科学一脉相承，却又并非一体。
所以，他对皇帝设立的科技学堂，并不怎么热心。
他心里更希望的，是要壮大西学。
虽然知道皇帝对西学的态度是用，打算化入科学，他仍旧提议道：
“如今科学院有农业科学院、海洋科学院等分院，研究专门学问。”
“臣以为泰西之学博大精深，可专设泰西科学院，研究泰西学问。”
这个想法，他早就有了，而且和很多传教士探讨过。
他们都支持徐光启创立泰西科学院，还承诺带来更多的学术典籍。
朱由检听着徐光启的想法，感觉有些道理。
不过单研究泰西还是太狭隘了，他在思考之后决定道：
“泰西学问，可作为外国学问之一，设立机构研究。”
“这个科学院分院，就称为外国科学院，下设欧洲、西洲等地的科技研究所，研究那些地方的科技和学问，以及国际问题。”
“如果有外籍学者提供帮助，还可以授予外籍院士，享有和元士同等的地位。”
让徐光启报上名字，为那些不愿入籍、却又为大明提供帮助的传教士学者，授予外籍院士身份。
这个身份和元士地位相当，但是和外籍公士一样，只能担任部分职位。
徐光启闻言喜出望外，连忙称赞皇帝。
虽然外国科学院不单是研究泰西，但是以大明现在的状况，来到大明的学者，大多是泰西传教士。
他可以把教友推荐上去，帮他们获得外籍院士身份。
这样西学就能在科学院壮大了，不至于完全沦为普普通通的百家之一。
——
朱由检虽然不知他的想法，但他知道科学院不能被传教士控制。
想着农科院、海科院、军科院这三个分院，他在琢磨之后说道：
“科学可用于医药，精确药方剂量。故而科学院可与太医院合作，成立生命和医药科学院。”
“还可以和钦天监合作，成立天文科学院。”
“和户部、工部、枢密院合作，成立地理科学院。”
“和文思院合作，成立格物科学院。”
“本部则成立数学科学院，表明科学以数学为本，追究以数达理，用数学认识天地奥秘。”
一口气成立五个分院，冲击原本科学院的格局。
尤其是内廷和外廷的相关机构，能通过业务联系渗入科学院。
外国科学院也变得不再显眼，只是普通的一个分院。
现在这些分院有强有弱，但是将来必然会达成一个平衡，不会让某个分院独大。
为了尽快达到这一点，朱由检还特意道：
“皇家科学院可设立皇家院士，等同元士地位。”
“除了不能直接做官外，院士和元士一样享有国士待遇。”
“按他们的功绩，授予散官和勋级，甚至世袭爵位。”